自然流产的主要原因包括胚胎因素、母体因素、父亲因素和、环境因素，大部分并不是单一因素所决定的，是多种因素共同作用的结果。胚胎和胎儿染色体异常是早期自然流产最常见的原因，母体的因素包括全身性的疾病、生殖器的异常、内分泌的异常、强烈的应激与不良习惯、免疫功能的异常都会引发自然流产。父亲精子的染色体异常也可导致自然流产。

　　如果在备孕期间过多的接触放射线、砷、铅、甲醛等有害的化学物质也可引发流产。