疼痛是内异症的主要临床症状，子宫内膜异位症的疼痛，主要包括继发性的痛经、进行性的加重，这种疼痛的部位多位于下腹、腰底部，以及盆腔的中央。有时也会出现放射，比如说放射到会阴部、肛门和大腿。

　　它出现的时间，往往是月经来潮时出现，并且持续是整个月经周期，疼痛的程度和病灶的大小并不是正相关的。严重的患者，也可以出现持续的疼痛，经期加重，大约有27%~40%的患者是没有明确的痛经的。因此痛经不是内异症诊断所必需的症状。

　　疼痛，除了痛经以外，还有性交疼痛。另外就是说与内异症的部位是密切相关的，比如说内异症的部位到尿输尿管，那么可以出现血尿，排尿式疼痛，另外如果异位到了肠道，都可以出现腹痛、腹泻，甚至便血，严重的患者，可以出现肠梗阻，如果异位的切口、手术的切口，那么可以在月经期出现腹部切口的疼痛，比较常见的就是剖宫产术切口部位的疼痛、自然分娩时会因侧切伤口内异症的疼痛。